新型コロナウイルス感染症が国内でも拡大するなか、関東ラグビー協会は1月15日、2020年度トップイーストリーグの開催中止を決定したと発表した。
1月23日より開始予定だったが、リーグ開催について全チームへのヒアリングをおこなった結果、複数チームからリーグ戦参加辞退の申し出があったという。また、その他多数のチームから、緊急事態宣言を受け、活動の停止・制限がかかっていること、十分な練習時間を確保できない等、安全上の問題があることなどを確認し、関東協会はリーグ開催困難と判断、全試合開催を中止することを決定した。
関西ラグビー協会主催のトップウェストAリーグは今季、コロナ禍による厳しい状況のなかでやりくりし7試合を実施していたが、1月16日に予定されていた豊田通商BLUE WING×三菱自動車京都レッドエボリューションズ戦が中止となり、これをもってAリーグで予定されていたすべての試合が終了または中止となった。
九州ラグビー協会は12月5日に今年度のトップキュウシュウリーグ開催中止を発表していた。