日本ラグビー協会は6月27日、令和2年度（2020年度）の「全国高校ラグビー大会」が第100回を迎えることを記念し、大会出場校を従来の51校から史上最多となる64校に増やして実施すると発表した。
従来は大阪府から3チーム（開催県枠1を含む）、北海道と東京都から各2チーム、その他の府県は各1チームが出場していたが、第100回大会はこれに加え、さらに13チームを選出する。
選出方法は以下のとおり。
【1】
全国9ブロック（北海道、東北、関東、北信越、東海、近畿、中国、四国、九州）に1チームずつ、計9チームの出場枠を与える。各ブロックでのチーム選出にあたっては、各都道府県の第100回大会予選大会において2位になったチームで予選を実施し、決定すること（東京、大阪は1チームを事前に決定しておく）。
【2】
「第21回全国高校選抜ラグビー大会」（令和2年3月開幕予定）の優勝チームが属する都道府県に出場枠1を与える（両校優勝の場合は、抽選にて決定する）。
【3】
第91回から第99回までの各都道府県予選を集計し、参加チーム数の累計が多い3府県に出場枠1を与える。合同チームは、構成する学校数にかかわらず、1チームとする。チーム数が同数の場合は、第99回大会の予選参加チームの多い府県を上位とする。なお、特別枠として複数の代表が選出される北海道、東京、大阪は除く。すでに【2】が与えられた府県を含む場合は、参加チーム数の累計で次点の府県に出場枠が与えられる。
※【2】、【3】で選出された計4都道府県のチームは【1】の予選に出場できない。