12月1日に関東大学対抗戦Aの全日程が終了し、第50回全国大学ラグビーフットボール選手権大会（セカンドステージ）に出場する全16チームの組分けが明らかになった。
5連覇を目指す帝京大は、大東文化大（関東大学リーグ戦1部 3位）、関西学院大（関西大学Aリーグ 4位）、そしてファーストステージを初めて突破した東海王者の朝日大と同組。昨年度の準優勝チームである筑波大は関東大学リーグ戦1部を制した流通経済大がいるプールに入った。関西チャンピオンの立命館大は、国立の舞台に立ったことがある3校（慶應義塾大、東海大、明治大）と一緒の激戦区。
出場する16チームは4チームずつの4プールに分かれてそれぞれ総当たり戦を実施し、各組1位のみがファイナルステージ（準決勝）へ進出する。
なお、セカンドステージでは勝点制およびボーナスポイント（BP）を導入。勝つと「5点」、引き分けで「2点」、負けた場合は「0点」、勝敗に関係なく4トライ以上したチームはBP「1点」を獲得し、7点差以内の敗戦でもBP「1点」が与えられる。また、各所属リーグでの最終順位によるアドバンテージポイントも加算されることになっており、地域所属リーグで1位だったチームは「3点」、2位チームは「2点」、3位チームは「1点」を最初から持つ。
全国大学選手権セカンドステージは12月8日にキックオフ。
＜第50回全国大学ラグビー選手権大会 セカンドステージ 組分け＞
| A | B | C | D |
|---|---|---|---|
| 帝京大学 （15大会連続21回目） 関東大学対抗戦A 1位 | 流通経済大学 （6大会連続14 回目） 関東大学リーグ戦1部 1位 | 立命館大学 （3大会連続15回目） 関西大学Aリーグ 1位 | 早稲田大学 （30大会連続47回目） 関東大学対抗戦A 2位 |
| 大東文化大学 （2大会ぶり21回目） 関東大学リーグ戦1部 3位 | 同志社大学 （2大会ぶり47回目） 関西大学Aリーグ 2位 | 慶應義塾大学 （16大会連続31回目） 関東大学対抗戦A 3位 | 中央大学 （3大会ぶり14回目） 関東大学リーグ戦1部 2位 |
| 関西学院大学 （8大会連続9回目） 関西大学Aリーグ 4位 | 筑波大学 （7大会連続18回目） 関東大学対抗戦A 4位 | 東海大学 （9大会連続11回目） 関東大学リーグ戦1部 4位 | 京都産業大学 （3大会ぶり27回目） 関西大学Aリーグ 3位 |
| 朝日大学 （2大会連続2回目） ファーストステージ1位 | 日本大学 （2大会連続17回目） 関東大学リーグ戦1部 5位 | 明治大学 （5大会連続42回目） 関東大学対抗戦A 5位 | 大阪体育大学 （4大会連続27回目） 関西大学Aリーグ 5位 |
※ 詳しい試合日程は日本ラグビーフットボール協会の公式サイトをご覧ください。
http://www.rugby-japan.jp/national/college/2013/id22913.html