第91回全国高校ラグビーは大会３日目となった30日、２回戦すべての試合が行われ、正月を花園で迎える全16校が決定した。
昨年度大会で東福岡とともに両校優勝、初優勝に輝いた桐蔭学園（神奈川）は、接点で強さを発揮した春日丘（愛知）に苦しんだ。１回戦は尾道（広島）と19−19で引き分け、抽選で勝ち上がった春日丘が前半10分、ラインアウトモールから高校日本代表候補のNO8姫野和樹が抜け出して先制トライを奪った。5分後、WTB中島健吾が右隅に飛び込んで同点に追いついた桐蔭学園だが、27分に春日丘はFL大島章寛の突破をきっかけに、ラックからの速い球出しで左サイドをWTB森大輝が破った。愛知県代表のチャレンジャーが５点リードしてハーフタイムへ。
しかし、序盤は硬さが見られた桐蔭学園だが慌てることはなく、後半８分、左側ゴール前５メートルでのスクラム後、キャプテンのCTB濱野大輔が中央を突き破ってトライ。ゴールも決まり、この試合で始めて前王者がリードを奪った。その後、ペナルティゴール２本成功で加点した桐蔭学園は、試合終了間際にCTB川田修司がチーム３本目のトライを決め、勝負あり。23−10で３回戦へコマを進めた。
一方、３連覇を狙う東福岡（福岡）は、テンポの速い攻撃で鹿児島工（鹿児島）から13本のトライを奪い、83−７で大勝した。その他のシード校も揃って白星発進。Bシード・流経大柏（千葉）のゴールを再三脅かした東京（東京第２）だがあと３点が届かず、國學院久我山（東京第１／Bシード）相手にディフェンスで健闘した清真学園（茨城）は後半12分にラインアウトモールから逆転トライを奪われ、３−７で花園から姿を消した。
３回戦８試合は元旦に大阪・近鉄花園ラグビー場の第１グラウンドと第３グラウンド（東大阪市多目的広場）で行われる。
＜大会３日目（30日） 結果／２回戦＞
仙台育英（宮城） 9 – 41 常翔学園（A・大阪第２）
新潟工（新潟） 8 – 48 長崎北陽台（長崎）
富山第一（富山） 0 – 82 東海大仰星（B・大阪第３）
深谷（埼玉） 31 – 10 飯田（長野）
熊本西（熊本） 7 – 62 佐賀工（B・佐賀）
四日市農芸（B・三重） 44 – 12 光泉（滋賀）
國學院栃木（A・栃木） 62 – 3 浜松工（静岡）
國學院久我山（B・東京第１） 7 – 3 清真学園（茨城）
青森北（青森） 3 – 19 京都成章（B・京都）
黒沢尻工（B・岩手） 27 – 15 札幌山の手（南北海道）
日本航空石川（石川） 12 – 23 石見智翠館（B・島根）
流経大柏（B・千葉） 13 – 10 東京（東京第２）
明和県央（群馬） 66 – 0 高知中央（高知）
桐蔭学園（B・神奈川） 23 – 10 春日丘（愛知）
関商工（岐阜） 0 – 62 御所実（B・奈良）
東福岡（A・福岡） 83 – 7 鹿児島工（鹿児島）
＜大会４日目（１月１日） 対戦カード／３回戦＞
・10:30 【第１G】 黒沢尻工（B・岩手） vs. 御所実（B・奈良）
・10:30 【第３G】 東福岡（A・福岡） vs. 明和県央（群馬）
・11:50 【第１G】 流経大柏（B・千葉） vs. 京都成章（B・京都）
・11:50 【第３G】 四日市農芸（B・三重） vs. 東海大仰星（B・大阪第３）
・13:10 【第１G】 國學院栃木（A・栃木） vs. 深谷（埼玉）
・13:10 【第３G】 國學院久我山（B・東京） vs. 佐賀工（B・佐賀）
・14:30 【第１G】 桐蔭学園（B・神奈川） vs. 石見智翠館（B・島根）
・14:30 【第３G】 長崎北陽台（長崎） vs. 常翔学園（A・大阪第２）
※ Gはグラウンド。第１G＝第１グラウンド